Erfahrungen der letzten Jahre haben gezeigt, dass Helikopter im Einsatz in Krisen- oder Kriegsgebieten einer hohen Bedrohung durch Boden-Luft-Lenkwaffen ausgesetzt sind, die ja heute sogar im «Ein-Mann-System» eingesetzt werden können. Nachdem die Super Pumas noch über kein Selbstschutzsystem verfügen, wird mit der Einführung des Cougars dieser Schritt in der Schweizer Luftwaffe zum ersten Mal vollzogen.
In einem ersten Schritt werden vier Helikopter mit dem Selbstschutzsystem ausgerüstet, das mit «ISSYS» bezeichnet wird. Die restlichen acht Einheiten sollen diese Ausrüstung dann im Rahmen des Rüstungsprogramms 2002 erhalten. Das ISSYS beinhaltet folgende Komponenten: Warneinheiten gegen Raketenbeschuss sowie Laser- und Radarbestrahlung (Missile Approach Warner, Laser Warning Sensors, Radar Warner); die Abstrahlung der Triebwerke und der Abgase werden mit IR-Supressoren abgeschwächt; eine Kontrolleinheit gegen elektronische Kriegführung (Electronic Warfare Controller);eine Anzeige der Bedrohung und eine Kontrolleinheit (Threat Display and Control Unit);sowie als aktive Massnahmen ein Chaff and Flare Dispenser, also Magnesium-Kugeln gegen Infrarot-Raketen und feine Metallstreifchen gegen Radarbestrahlung.
