Une grande fluctuation du personnel, des critiques émises par d'anciens et de nouveaux collaborateurs à l'encontre de la conduite du personnel, ainsi que des remarques négatives de clients internes aux Forces aériennes au sujet de mesures de réorganisation appliquées ou prévues ont conduit le commandant des Forces aériennes, avec l'approbation du directeur de l'IMA, à prendre fin 2008 la décision de procéder à un sondage auprès du personnel et des clients de l'IMA en 2009. Ce sondage a été réalisé d'août à octobre 2009 par un spécialiste externe avec pour but d'obtenir l'image la plus objective possible de la situation actuelle au sein de l'IMA. Sur la base du rapport final présenté à la fin 2009, le commandant des Forces aériennes a décidé de prendre des mesures organisationnelles et en matière de personnel au sein de l'IMA. Compte tenu de tous les faits, la direction de l'institut est relevée de ses fonctions et les mesures de réorganisation qui étaient prévues sont suspendues. Un directeur ad intérim sera placé à la tête de l'IMA dès le 1er mars 2010.
L'Institut de médecine aéronautique est le centre de compétences suisse chargé des analyses psycho-médicales des hommes et des femmes en termes de sécurité et de performances dans les domaines de l'aviation civile et militaire, du transport et de la gestion. L'IMA examine, au profit de l'armée, des pilotes et des éclaireurs parachutistes, des candidats à une instruction d'état-major général ainsi que des membres d'unités spéciales. Pour le compte du Département fédéral de l'environnement, des transports, de l'énergie et de la communication (DETEC), l'IMA procède aux examens de capacité et d'aptitude pour des pilotes ainsi que des contrôleurs du trafic aérien selon les critères en vigueur au niveau international. Il constitue l'Aeromedical Center de la Suisse, selon les prescriptions édictées par les Joint Aviation Authorities (JAA).
